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使用這些凝膠分析軟件工具擠壓瓊脂糖的數據

在分子生物學領域,數周的基準測試可以在一個凝膠中實現。伱拿到克隆了嗎?伱的老鼠是否表現出預期的突變?伱的蛋白質表達良好嗎?

答案通常位于DNA或蛋白質凝膠的條帶和通道内  。在“過去的日子裡”,這些凝膠在燈箱上進行檢查并在膠片上拍攝。然後研究人員将手動仔細檢查圖像,比如用尺子來确定給定的帶是否具有預期的尺寸。

如今,用戶不再需要對其紫外線燈箱進行預感。隻需将凝膠放入  凝膠成像系統即可。這些裝置使用計算機軟件在很大程度上自動化凝膠攝影過程,無論是溴化乙錠染色的DNA凝膠,考馬斯染色的蛋白質凝膠,還是化學發光或熒光蛋白質印迹。一旦捕獲了圖像,其他工具可幫助用戶解密數據。

在這裡,我們将回顧您下一個凝膠分析軟件産品中要尋找的一些關鍵特性。

功能

凝膠文檔軟件  工具執行相對較窄的功能集。然而,**受歡迎的是,Syngene的常務董事Paul Ellwood表示,它是自動車道和波段識别。“人們想要自動發現泳道和帶子,”埃爾伍德說。“伱不想要做的是突出顯示并手動找到每個樂隊; 這需要太多時間。“

圖像分析工具通常也可以确定譜帶分子量和強度,并且在Western印迹的情況下,也執行量化和标準化任務。(LI-COR Biosciences的Image Studio Lite是其軟件的免費版本,專門用于分析在其自身或其他供應商的成像平台以及電影上捕獲的Western印迹數據。)一些工具本身也執行圖像采集,而其他工具在單獨的應用程序中單獨捕獲和分析

2D蛋白質凝膠分析通常是一種更專業的應用,其中用戶經常比較兩種凝膠(或一種凝膠上标有兩種熒光染料的兩種樣品),尋找斑點數量或豐度的差異Bio-Rad Laboratories允許用戶自動進行斑點檢測和在PDQuest 2-D分析軟件中進行匹配。Syngene的2D分析工具稱為Dymension。(Syngene的圖像采集和1D凝膠分析工具免費提供給公司的凝膠成像系統,但每個Dymension許可證的價格為1000英鎊,約合1,640美元,Ellwood說。)

Syngene提供另一個名為GeneDirectory的軟件包,用于存儲和搜索遺傳學和法醫學應用的凝膠模式。Ellwood解釋說,GeneDirectory“隻是一個記住或存儲系統以前見過的各種軌道的數據庫。這是一個樂隊匹配數據庫,可以告訴您之前和之後是否看過該曲目。“

捆綁

盡管存在免費和第三方應用程序,但幾乎每個主要的凝膠文檔系統供應商都提供用于圖像捕獲和分析的專有軟件,通常是針對硬件定制的。因此,Bio-Rad實驗室電泳全球産品經理Maggie Pochyla說,用戶很少需要尋找其他解決方案。

例如,Bio-Rad的gel和chemi-doc系統的用戶可以使用該公司的  Image Lab™軟件,在無限數量的計算機上使用。“所有基本功能加上更多功能都可以在Image Lab中完成,因此不需要使用其他軟件,”她說。

Syngene為其成像儀提供兩種應用:  GeneSys控制圖像采集過程,  GeneTools便于數據分析。同樣,Thermo Fisher Scientific将myImageAnalysis軟件與myECL Imager 捆綁在一起,LI-COR及其  Image Studio和UVP與VisionWorks®LS圖像采集和分析軟件捆綁  在一起。

例如,如果實驗室已經在使用其他公司的圖像分析軟件,那麼一些用戶仍然會選擇第三方選項,例如賽默飛世爾科技的**科學家Suk Hong說。ImageJ是一個免費的開源應用程序,而TotalLab的商業  TotalLab Quant是兩個這樣的選擇。

成本

使用第三方或免費軟件的另一個原因是價格。數據采集​​發生在凝膠成像站,但分析通常在其他地方進行,如果沒有其他原因,隻能為下一個用戶釋放成像儀。

Syngene和Bio-Rad等公司提供無限許可或軟件副本,因此用戶可以根據需要在盡可能多的工作站上安裝圖像分析應用程序。但是,其他人則有更嚴格的政策,成本可以在大型實驗室中增加。

例如,Thermo Fisher Scientific通過購買myECL成像儀為myImageAnalysis提供了五個許可證,Hong說。兩個席位的額外許可費用為1,599美元。**産品營銷經理Jeff Harford表示,LI-COR成像器包括該公司Image Studio軟件的單一許可證。他說,一個五用戶許可證将運行約3,500美元,一個25用戶許可證約為6,500美元。

Pochyla表示,堅持使用影像供應商的軟件往往也有優勢。其中包括免費軟件更新,技術支持,培訓以及與硬件的強大集成。

文件格式

一些圖像采集和數據分析工具使用行業标準文件格式,如TIFF,BMP,PNG,GIF和JPEG,這意味着用戶可以在他們選擇的兼容程序中打開圖像; 其他人使用封閉或專有格式,這可能會限制您在其他軟件工具中操縱圖像的能力,例如,如果您的原始分析工具過時了。

營銷産品經理Mike Capps表示,UVP的VisionWorksLS軟件支持多種标準标準格式,包括TIFF和JPEG格式。Thermo的myImageAnalysis也是如此。但Bio-Rad的圖像實驗室本身以稱為.SCN的專有格式保存圖像。Harford說,LI-COR使用TIFF格式的專有版本來處理公司的大動态範圍。但是,在這兩種情況下,圖像都可以以标準格式導出,以用于出版,演示等。

監管問題

凝膠分析軟件通常可以打印圖像,以各種格式電子存儲圖像并準備報告以包含在電子實驗室筆記本中。但這并不意味着它們實際上支持美國食品和藥物管理局對電子記錄保存和簽名的要求,稱為21 CFR Part 11。

Capps表示,UVP的VisionWorksLS軟件支持實驗室合規性,可根據法規要求執行記錄用戶和記錄文件元數據中圖像的所有更改等任務。Bio-Rad提供符合21 CFR 11标準的Image Lab版本。但是,Thermo的myImageAnalysis和LI-COR的Image Studio目前不符合Part-11規範。

使用方便

Pochyla說,圖像采集和分析軟件使用起來相對比較痛苦,需要大量的手動操作才能捕捉到良好的圖像并進行分析。用戶經常需要調整濾波器選擇,曝光時間,光源和光圈,以及在分析過程中,手動操作通道和波段放置,調整背景等。“我們删除了很多,”她說。

今天,用戶堅持易用性,圖像分析工具開發人員正在關注,經常實施一鍵式操作和更直觀的工作流程。Pochyla說:“隻需點擊一下,伱就可以拍照并進行分析,這會引起很多客戶的共鳴。”

LI-COR的Image Studio将功能捆綁在一系列應用程序“色帶”中(類似于Microsoft Office套件中的功能分組)“将功能提升到新的水平,”Harford說。UVP**近添加了用戶模闆,使用戶能夠在以後的實驗中存儲和重用參數。

鑒于該領域的成熟度和深度,您可能無法做出錯誤的決定; 大多數用戶會對這些工具中的任何一個感到滿意。但是為了以防萬一,試着嘗試一下。在伱提交之前知道伱得到了什麼并不會有害。

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